筹备
在国务委员兼国家科委主任宋健院士的积极倡导下，1992年10月由国家测绘局、国家科委等单位发起，1993年4月十八个部委、院校组成中国地理信息系统协会筹委会。1993年5月召开第一次筹委会会议，1993年6月至9月登录会员。1994年3月中华人民共和国民政部核准中国地理信息系统协会社团登记证书，中华人民共和国社会团体登记为：社证字第585号。
第一届
1994年4月25日至27日，中国地理信息系统协会（CAGIS）成立大会暨技术与经验交流会在北京召开。会议期间召开了协会第一届理事会，推选国务委员兼国家科委主任、中科院院士宋健为名誉会长，选举全国人大常委、原航天工业部部长、国家科委副主任李绪鄂为会长，国家测绘局局长金祥文为常务副会长，中顾委委员、全国政协常委、国家计委、国家经委副主任郭洪涛、中科院院士王之卓、陈述彭、杨芙清为顾问，国家测绘局副局长杨凯为秘书长。周干峙、孙鸿烈、孙家栋、张文岳、朱尔明、杨凯、徐冠华、刘文甲、张巧玲、迟惠生、颜宏、林泉、王世雄、沈恭为副会长，王选、李德仁、史培军等领导和科学家为常务理事。104人当选为理事。
1995年11月，李广源接替杨凯，任协会秘书长。
1997年，按中央17号文件精神，对国家公务员县（处）以上领导干部原则上不再兼职协会领导职务的要求，选举陈军为会长。
1999年10月中华人民共和国民政部社会团体核准登记第4号公告：按照国务院办公厅365体育网址：对社会团体进行清理整顿通知的要求，依据国务院1998年10月25日发布的《社会团体登记管理条例》规定，经中华人民共和国民政部审核中国地理信息系统协会符合要求，社会团体法人登记为：社证字3409号。
第二届
1999年8月17至20日，中国地理信息系统协会在广东深圳召开第二次会员代表大会暨第五届年会，132人当选为中国地理信息系统协会第二届理事会理事。陈军、迟惠生、秦大河、曾澜、李根洪、何建邦、江绵康、杨凯、孙玉国等32人当选为常务理事。大会推选陈军为会长，陈述彭院士为名誉会长，迟惠生、秦大河、郑立中、曾澜为副会长。李德仁、孙鸿烈、高俊院士为协会顾问。李根洪为协会秘书长（法定代表人），并确定建立十个协会分支机构。
第三届
2003年11月27日，中国地理信息系统协会在北京召开三届一次理事会。大会选举产生157名协会理事。推选陈军为会长，喻永昌、史培军、郑立中、曾澜、潘懋、王广华、邵益生、钟耳顺为副会长。喻永昌为秘书长（法定代表人），陈述彭为名誉会长，李德仁、高俊院士为协会顾问。李维森、江绵康、赵小凡、吴信才、孙玉国等44人为常务理事。
第四届
2007年11月29日，中国地理信息系统协会在北京召开四届一次理事会，大会选举产生167名理事，推选国际摄影测量与遥感学会秘书长、欧亚科学院院士陈军教授为会长，王广华、任旺兵、刘永、孙玉国、何宁、宋关福、李加洪、李仲亮、李清泉、郝力、钟耳顺、潘懋为副会长。丛远东为秘书长（法定代表人）。王丹、冯仲科、刘高焕、刘慧平、池天河、汤海（专职）、邬伦、张清浦、曹红杰、景贵飞、谭永杰为副秘书长。王丹、李莉、李永雄、江绵康、彭凯等46人为常务理事。
2009年10月增补孙冰、查中祥为副会长。
2009年5月增补白桂霞、李志刚、冯先光、孙红春、张建仁、牛来有、孙冰、徐文中、姜德荣、李满春、曹天景、高锡瑞等12人为常务理事
第五届
2011年10月，在2011中国地理信息产业大会中国地理信息产业协会成立大会上，中国地理信息系统协会更名为中国地理信息产业协会。选举吴兆琪为会长，丛远东为常务副会长兼秘书长。选举徐文中、杨玉坤、袁宏永、张文星、孙玉国、潘懋、张培宏、宋关福、郭力、李加洪、韩海青、刘永、张继贤、李满春、迟伟孙红春、李伟健、何宁、刘奕夫、成从武、武文忠、吴秋华、赵晓明、谭永杰、欧阳玉靖、王铃丁、王保立、牛来有、史培军、孙家海、孙霄兵、孙丕龙、孙冰、孙良俊、李晓全、李秉仁、李清泉、李英成、李成名、李京伟、刘小波、杨成月、刘浩、宋跃征、史明昌、陈汉平、张瑞新、张建仁、张健康、张扬、吴强华、周成虎、周大良、范一大、孙刚、易树柏、郭彦全、郭信平、郭 晟、姚新、徐文、徐愈、徐丽萍、顾行发、裴志武、温宗勇、谢刚生等67人为副会长。
2013年9月，增补应金法、杜明成、耿继进、刘金长、崔亚军、韩双立为副会长。
2014年1月，协会原会长吴兆琪、秘书长丛远东因年龄到期退休；宋超智当选协会会长、胥燕婴当选协会常务副会长、秘书长、法定代表人。
第六届
2016年9月9日，在北京召开的中国地理信息产业协会第六次会员代表大会上，孙玉国当选会长，王增宁当选秘书长、法定代表人，王宝民、王继业、冯先光、刘奕夫、孙冰、江春华、汤海、何宁、宋关福、张扬、李英成、李清泉、杜明成、杨玉坤、杨震澎、肖学年、陆洁中、胥燕婴、姜德荣、宫辉力、郭凯天、曹天景、程鹏飞、赖百炼等当选副会长，王权当选监事长，谭永杰当选副监事长。
2017年9月，肖学年辞去副会长，改选李国鹏为副会长。王权辞去监事长，改选廖小罕为监事长。谭永杰辞去副监事长，改选左建章为副监事长，增补谭永杰为副会长。
第七届
2021年10月13日，中国地理信息产业协会第七次会员代表大会、七届一次理事会会议在武汉召开，换届工作圆满完成。800多名会员代表根据章程赋予的权利选举出第七届理事会400名理事和第二届监事会7名监事。第七届理事会选举出马然等48人为协会第七届常务理事，其中李维森为协会第七届会长，马小计、王宝民、王增宁、冯先光、孙俊、杜庆娥、李满春、吴双、狄小燕、张凡、张绍杰、陆洁中、邵宗有、岳涛、赵延平、胡小清、姜德荣 、赖百炼、康铭、蔡阳、廖小罕等21人为第七届副会长，王增宁为秘书长。第二届监事会选举刘小波为监事长，邬伦、汤海、李英成为副监事长。
